English versionMASTER 2 OMICS : Approches omiques à la médecine personnalisée
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Le Master 2 Oncology 3.0 : des approches omiques à la médecine personnalisée permet de revoir les bases en cancérologie permettant d'accéder aux trois spécialités de Master 2. |
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Nora MOUMJID Responsable du Master 2 OMICS nora.moumjid@univ-lyon1.fr |
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Claire BARDEL Responsable du Master 2 OMICS claire.bardel-danjean@univ-lyon1 |
→ Les unités d'enseignement du SEMESTRE 3 (30 ECTS):
- Omics Technologies and big data in Oncology - 6 ECTS
Cette UE est articulée autour de 3 modules d'environ 20h chacun.
- Module 1 « Focus sur la génomique » : au cours de ce module, les grands types de méthodes permettant d'identifier des variations du génomes (mutations ponctuelles et variations de structure) seront présentées avec un accent particulier sur les technologies de séquençage massivement parallèle et leur application en cancérologie
- Module 2 « Diversité des omiques »: au cours de ce module, les différentes technologies omiques hors génomique (transcriptomique, épigénomique, protéomique et métabolomique), les données qu'elles produisent, les étapes bioinformatiques de pré-traitement des données et leurs applications en cancérologie seront traitées
- Module 3 « Méthodes d'analyse de données omiques»: au cours de ce module, les étudiants apprendront à utiliser le logiciel R pour manipuler, analyser et visualiser les données omiques issues des étapes de pré-traitement bioinformatique.
✉ Responsable de l'UE : Claire BARDEL (claire.bardel@univ-lyon1.fr)
Jonathan LOPEZ (jonathan.lopez@chu-lyon.fr)
⊕ Répartition horaire : 43h CM | 4h TD | 13h TP
❝❞ Langue : Anglais (ou français selon la promotion)
✎ Modalités d'évaluation : Ecrit (50 %) + Présentation oral d'article (30%) + évaluation de TP (20%)
- Impact of precision oncology on medical practices and ethics - 6 ECTS
L’objectif de cette UE est de permettre aux étudiants (internes comme étudiants en biologie) de se forger une approche réflexive et critique des développements actuels de la médecine de précision, notamment en lien avec les modifications induites pour les cliniciens comme dans l’organisation des structures hospitalières, et avec les questions éthiques et sociétales que cette nouvelle orientation de la recherche en cancérologie soulève.
Il s’agira ainsi d’aborder des thématiques relevant de l’épistémologie (notamment la question de savoir si nous sommes face à un changement de paradigme), de la reconfiguration de la recherche translationnelle (conception des thérapies ciblées, réorganisation des essais cliniques), de la sociologie de la santé (tout particulièrement dans le cadre de la modification des professions de santé et de leur articulation à l’hôpital) et de l’éthique (trajectoires patients, compréhension de ce qu’est un facteur de risque, impact sur les habitudes de vie, etc.).
Il s’agit ainsi de faire que les étudiants soient à même de prendre conscience des acteurs engagés dans l’interface recherche/clinique en amont de la constitution des projets de recherche, et qu’ils puissent par la suite collaborer de façon à la fois efficace et éthique, en prenant en compte les impacts induits dans les différents champs de la santé.
✉ Responsable de l'UE : Julie HENRY (Julie.HENRY@lyon.unicancer.fr)
Marc BILLAUD (Marc.BILLAUD@lyon.unicancer.fr)
⊕ Répartition horaire : 34h CM | 10h TD
❝❞ Langue : Français | Supports en anglais
✎ Modalités d'évaluation : Oral (100%) | Validation : élaboration en groupe (internes + étudiants en biologie) d’un dossier sur un point de recherche translationnelle intégrant son possible impact sur la pratique médicale et les enjeux éthiques qu’il soulève.
PS: Présentation orale en groupe interdisciplinaire (recherche et pratique médicale) d'un travail sur les enjeux scientifiques, épistémologiques, sociétaux et éthiques d'un projet ou d'une pratique à l'interface entre recherche et clinique.
- Analyse économique des OMICS et de la médecine personnalisée - 6 ECTS
1. Omics et médecine personnalisée
- Etat des lieux et perspectives d’un point de vue socio-économique : Cours 4h00
- Evaluation économique de la médecine personnalisée en cancérologie :
- Initiation aux méthodes : 6h00 cours + 3h00 ED
- Présentation et analyse de cas : 6h00 ED
Travail en learning lab : 6h TP : analyse critique en groupe des omics dans une pathologie donnée (mélanome, cancer du sein etc.) en se basant sur une recherche documentaire en séance (3h00 TP) puis présentation (3h00 TP)
2. Big data et médecine personnalisée
- Etat des lieux et analyse d’un point de vue socio-économique : Cours 4h00
- Big data et analyse économique : étude de cas : 6h00 ED
Travail en learning lab : 6h TP sur analyse en groupe des enjeux économiques des big data dans une pathologie donnée en se basant sur une recherche documentaire en séance (3h00 TP) puis présentation (3h00 TP)
✉ Responsable de l'UE : Nora MOUJID (nora.moumjid@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 14h CM | 15h TD | 12h TP
❝❞ Langue : Français
✎ Modalités d'évaluation : Ecrit 50% + TP : 50% (travaux de groupe)
- Bibliography and research projet writing - 6 ECTS
Au cours de cette UE, les étudiants vont :
- Réaliser une recherche bibliographique en lien avec leur sujet de stage
- Apprendre à utiliser ce travail bibliographique pour rédiger un projet de recherche/une note de synthèse selon le type de stage réalisé par l'étudiant
Après un premier cours présentant les attentes pour ce projet et les méthodes de rédaction de ce type de document, les étudiants travailleront sur leur projet en autonomie. Des séances de TD sont programmées régulièrement pour suivre l'avancement des projets.
✉ Responsable de l'UE : Pierre SANTIGNY (pierre.saintigny@lyon.unicancer.fr)
Nora MOUJID (nora.moumjid@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 1h30 CM | 10h TD
❝❞ Langue : Anglais
✎ Modalités d'évaluation : Rapport de type projet recherche en vue de l’obtention d’un financement (100%)
- Anglais pour la communication professionnelle niveau 2 - 3 ECTS
Enseignement qui privilégie l'anglais scientifique, entraînement à l'expression orale, la mise en page d'un poster de symposium, ...✉ Responsable de l'UE : Joann PIGAT (joann.pigat@univ-lyon1.fr )
⊕ Répartition horaire : 30h TD
❝❞ Langue : Anglais
✎ Modalités d'évaluation : CC (100%)
- UE OPTIONNELLE - 3 ECTS
Au choix parmi :
- Destruction focalisée des cancers - 3 ECTS
Sensibilisation au développement récent des techniques complémentaires et/ou alternatives aux moyens pharmacologiques de traitement du cancer (introduction rapide à la chirurgie mini-invasive / destruction focalisée par moyens physiques non ionisants (ultrasons, radiofréquence, laser, micro-ondes) / Destruction focalisée parradiothérapie).
✉ Responsable de l'UE : Frédéric PADILLA (frederic.pad@gmail.com)
Michel RIVOIRE (michel.rivoire@lyon.unicancer.fr)
⊕ Répartition horaire : 20h CM | 5h TD
❝❞ Langue : Français. Supports en Anglais
✎ Modalités d'évaluation : Ecrit final (100%)
- Immunology & Cancer - 3 ECTS
Cette UE s’appuie sur les connaissances en immunologie de base des étudiants pour développer des concepts de recherche fondamentale en immunologie qui présentent des applications en recherche clinique et pharmaceutique dans le domaine de la cancérologie. Les thèmes abordés seront :
- la réponse immunitaire anti-tumorale et sa manipulation
Mode d’action des cancérogènes d’origine infectieuse ; le “multi-hit-multi-step” ou la progression par étapes de la cancérisation ; le profil antigénique des cellules tumorales ; l’analyse moléculaire du microenvironnement tumoral ; les altérations fonctionnelles des cellules du système immunitaire infiltrant les tumeurs
- les cancers du système immunitaire
Panorama et spécificité au sein des cancers ; analyse de la réponse immunitaire après immunothérapie ; mécanismes d'échappement tumoraux ; les anticorps monoclonaux dans l'immunothérapie du cancer ; La greffe de cellules souches hématopoïétiques comme modèle d’immunothérapie
- la protection des patients immunosupprimés par des traitements ou suite à une infection.
Mécanismes d’actions des cytokines capables de restaurer des fonctions immunitaires lors de chimio ou radio-thérapie ; notion de cancer secondaire et état de la recherche sur les paramètres utiles pour surveiller la survenue d’une infection ou d’un cancer sur des modèles d’études relatifs au don d’organes ou de sang, aux patients infectés par HIV ou HCV, aux patients immunosupprimés par un traitement suite à une greffe ou un cancer primaire.
✉ Responsable de l'UE : Christine DELPRAT (christine.delprat@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 18h CM
❝❞ Langue : Anglais
✎ Modalités d'évaluation : CM : écrit (50%) + exposé (50%)
- Innovation et propriétés intellectuelles- 3 ECTS
Cette Unité d’Enseignement (UE) se propose de présenter l’univers de la propriété intellectuelle et plus précisément la Propriété Industrielle (PI). L’enseignement (CM et TD) est effectué en langue anglaise. Tous les supports fournis sont également en anglais.
Les intervenants possèdent tous une expertise en PI et ont pour origine le monde académique de la recherche, l’Institut National de la Propriété Industrielle (INPI) et des cabinets « conseils en propriété industrielle ».
L’enseignement est composé de six cours :
- CM 1 Inaugural conference on the intellectual property (1 hour).
- CM 2 Patents A to Z (4 hours).
- CM 3 Worldwide Patent Databases (2 hours).
- CM 4 Patent infringement and litigation (3 hours).
- CM 5 Counterfeiting (2 hours).
-CM 6 Experience feedback on IP (2 hours).
Les cours sont renforcés par deux séances de TD, en salle informatique, pour effectuer un travail concret autour des bases de données interrogeables en réseau (internet) :
- TD 1 Online access to patents (2 hours).
- TD 2 Patent case study (2 hours).
✉ Responsable de l'UE : Marc LE BORGNE (marc.le-borgne@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 14h CM | 4h TD
❝❞ Langue : Français
✎ Modalités d'évaluation : Examen final écrit
- Introduction à la bioinformatique moléculaire- 3 ECTS
Description
✉ Responsable de l'UE : Celine BROCHIER (Celine.brochier@univ-lyon1.fr)
Arnaud MARY (arnaud.mary@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 20 h CM | 5h TD
❝❞ Langue : Non renseigné par le responsable
✎ Modalités d'évaluation : Non renseigné par le responsable
- Oncologie- 3 ECTS
✉ Responsable de l'UE : Non renseigné
⊕ Répartition horaire : Non renseigné
❝❞ Langue : Non renseigné par le responsable
✎ Modalités d'évaluation : Non renseigné par le responsable
- Méthodes et pratiques de l'éthique en santé - 3 ECTS
Entre la législation en cours, les codes de déontologie, les recommandations de bonne pratique et les certifications délivrées par la Haute Autorité de Santé (HAS), nous pouvons avoir l’impression que le champ des pratiques de soins est déjà très balisé et nous pourrions ne plus voir quelle place il pourrait rester pour le questionnement éthique. Et pourtant, une fois posés ces éléments de différents statuts (plus ou moins contraignants), tout reste à faire d’un point de vue éthique, au sens où ce qu’il serait le plus ajusté dans une situation donnée reste encore en suspens, et où ces règlementations elles-mêmes demandent à être constamment réinterrogées. L’enjeu de ce cours est alors de dessiner les contours, les modalités et les conditions d’une réflexion éthique qui tienne compte de ce contexte général tout en prenant ancrage dans les pratiques au quotidien.
Objectifs : acquérir des outils réflexifs permettant de discerner et de penser des questionnements éthiques dans des situations concrètes ; Être capable de construire une médiation entre une approche conceptuelle et des cas cliniques, et comprendre comment la réflexion se nourrit en retour du terrain ; Analyser les enjeux sous-jacents et faire un usage précis des termes couramment utilisés dans les débats contemporains en santé.
✉ Responsable de l'UE : Julie HENRY (Julie.HENRY@lyon.unicancer.fr)
⊕ Répartition horaire : 20 h CM
❝❞ Langue : Non renseigné
✎ Modalités d'évaluation : Oral (100%) | Élaboration, présentation orale et discussion d’une réflexion éthique menée à partir d’un cas clinique ou d’une question de santé actuellement en questionnement.
- Pratiques médicales : l'interface entre recherche et clinique- 3 ECTS
L’objectif de cette UE est de donner aux étudiants une idée de ce que peut être aujourd'hui (avec l'évolution conjointe des innovations thérapeutiques, des pratiques médicales, de l'implication du patient dans son parcours de soin et des associations de patients dans les comités de pilotage, des demandes sociétales, etc.) être oncologue en lien avec une recherche active ou être chercheur dans un centre de soin. Elle consiste en une série d'interventions de chercheurs et cliniciens sous forme de retour et partage d'expérience sur ce qu'est leur pratique professionnelle à l'interface entre recherche et clinique, avec des profils variés : cliniciens de différents groupes, plus ou moins impliqués dans les essais cliniques ; oncologue engagée dans les soins de support ; chercheur en recherche translationnelle et/ou prévention ; chercheur fondamental sur la manière dont se définissent les objets de recherche, etc. Il s’agit ainsi de faire prendre conscience aux étudiants de l’interférence entre recherche, clinique, perspective patients et représentations sociétales afin de les amener à mettre en place par la suite des collaborations efficaces en amont des projets.
✉ Responsable de l'UE : Isabelle RAY-COQUARD
Thomas BACHELOT
⊕ Répartition horaire : 20 h CM
❝❞ Langue : Français
✎ Modalités d'évaluation : Oral (100%) | Présentation orale des résultats d’une étude menée auprès de cliniciens impliqués dans la recherche ou de chercheurs en lien étroit avec la clinique, dans l’objectif de faire émerger de nouvelles thématiques.
PS : Présentation orale des enjeux médicaux, éthiques et sociétaux soulevés par un projet ou une pratique à l'interface entre recherche et clinique.
- Stratégie des industries pharmaceutiques et technologies médicales (IAE)- 3 ECTS
Non renseigné par le responsable
✉ Responsable de l'UE : Non Renseigné
⊕ Répartition horaire : 46 CM
❝❞ Langue : Non renseigné par le responsable
✎ Modalités d'évaluation : Non renseigné par le responsable
- Systems Biology - 3 ECTS
La biologie systémique vise à répondre à des questions biologiques en intégrant les expériences humides dans des cycles itératifs avec la modélisation informatique, la simulation et la théorie. Il s’agit par essence d’une approche interdisciplinaire. L'objectif de cette UE sera de fournir les notions de base nécessaires pour adopter cette approche, et une vue grossière du champ. Il est destiné à être accessible à tout étudiant en biologie, avec un fort désir d'explorer des approches plus formelles (essentiellement mathématiques et informatique)
Les thèmes suivants seront abordés
Une introduction générale à la biologie systémique
- Les bonnes pratiques en biologie systémique
- Des données omiques à grande échelle à la modélisation dynamique
- Qu'est-ce qu'un modèle mathématique?
- Une introduction à la théorie des systèmes dynamiques
- Réseaux de gènes
- Réseaux métaboliques
- Modélisation multi-échelle
- Information contenue dans le bruit: les phénomènes biologiques vus comme des distributions.
Tous les cours seront illustrés par des exemples pratiques tirés de la littérature récente.
✉ Responsable de l'UE : Olivier Grandrillon (olivier.gandrillon@ens-lyon.fr)
⊕ Répartition horaire : 18h TD
❝❞ Langue : Anglais
✎ Modalités d'évaluation : Rapport de réflexion personnelle (100%)
- Tissue and cell engineering + mémoire complémentaire- 3 ECTS
Lecture part
A) Phenotypic and Mechanical characterization of cells and tissues – force, adhesion and motility studies - microsystems for cell culture, diagnosis, drug screening… : 8 hours
B) Biomaterials and scaffolds able to finely tune various cell responses : 6 hours
Practical part
C) Basics of Image Analysis
-3 theoretical courses with examples on a free software Image J -3 courses for developing a project in tandem : tracking endothelial cells on patterned surfaces.✉ Responsable de l'UE : Jean-Paul RIEU (jean-paul.rieu@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 10h CM
❝❞ Langue : Anglais
✎ Modalités d'évaluation : CM : Bibliographic assay (50%) + Projet Report (50%)
→ Les unités d'enseignement du SEMESTRE 4 (30 ECTS)
- Stage Recherche Académique ou Entreprise - 27 ECTS
Le code Apogée pour les conventions de stage est : IPH2264M.
Des stages seront proposés aux étudiants dans toutes les thématiques abordées dans le parcours de M2 en lien avec les omiques et la médecine personnalisée. Un co-encadrement pluridisciplinaire sera fortement encouragé avec, par exemple un co-encadrement entre un clinicien ou un chercheur en cancérologie (Centre Léon Bérard/Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, CHU de Lyon, Centre International de Recherche en Cancérologie, …) et les équipes de bioinformatique/biostatistique telles que celle de la plateforme de Bioinformatique-Gilles Thomas Synergie Lyon Cancer ou de sciences humaines et sociales des différentes structures. Les étudiants pourront assister aux réunions de concertations pluridisciplinaires moléculaire, spécifique d’organe, au Forum of Data Mining, aux différent s séminaires du CRCL/CLB selon la nature du projet.
- UE OPTIONNELLE - 3 ECTS
Au choix parmi :
- Aging and Cell Death - 3 ECTS
Biologie de la mort cellulaire: nécrose, nécroptose, apoptose and autophagie et leurs relations avec le viellissement cellulaire et la sénecescence : mécanismes moléculaires du contrôle et de l'échappement. Vieillissemenet et dommage au molécules : réactifs de l'oxyègne, protéines, acides nucléïques. Vieillissement et métabolisme : théorie de la restriction calorique, voie signalisation métabolique. Physiopathologie du vieillissement : longévité des organismes, maladies du vieillissement et neurodégénérative.
✉ Responsable de l'UE : Carole KRETZ (Carole.Kretz@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 13h CM | 5h TD
❝❞ Langue : Anglais et français
✎ Modalités d'évaluation : Oral (75%) | CC (25%)
- Concepteur de projets utilisant des animaux à des fins scientifiques (CPUAFS) - 3 ECTS
Cette formation aura lieu à l'école vétérinaire de Lyon. Le but est ici de permettre aux étudiants qui le désirent de valider le diplôme d'expérimentation niveau 1 en poursuivant l'étude des modèles animaux commencée en M1.
Modèles spontanés en Oncologie expérimentale : oncogénèse, spécificités liées à l'animal domestique, spécificités du cadre de l'oncologie vétérinaire clinique, réglementation éthique, conception et réalisation d'essais pré-cliniques et cliniques chez l'animal, prélèvements et tumorothèques animales et système qualité.
✉ Responsable de l'UE : Delphine GREZEL (delphine.greze@vetagro-sup.fr)
⊕ Répartition horaire : 15h CM |15 h TD
❝❞ Langue : Français
✎ Modalités d'évaluation : Examen écrit (100%)
- Drug Delivery System+ mémoire complémentaire- 3 ECTS
L'objectif de ce cours est de présenter aux étudiants l'utilisation de nanotechnologie pour le développement de nouveaux types d’agents de contraste et de médicaments capables de cibler spécifiquement les cellules cancéreuses à des fins de diagnostic et de thérapie (théranostic).
Le cours est divisé en quatre parties:
- Introduction générale, principe et espoirs,
- Comment concevoir des nanoparticules pour l'imagerie, la vectorisation et la délivrance de médicaments?
- Imagerie médicale.
- Vectorisation et thérapie.
✉ Responsable de l'UE : Charlotte Rivière (charlotte.riviere@lpmcn.univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 10h TD
❝❞ Langue : Anglais
✎ Modalités d'évaluation : Examen oral (100%)
- Économie de la santé et Cancer - 3 ECTS
Différentes thèmes seront abordés : Les systèmes de santé (HMS), Les dépenses de santé (NM) la maîtrise des dépenses de santé, L’offre de soins de santé (NM et HMS), les professionnels de santé (NM), les établissements de santé (HMS), et une initiation à l’évaluation médico-économique
✉ Responsable de l'UE : Nora MOUMJID (nora.moumjid@univ-lyon1.fr)
Carole Siani (carole.siani@univ-lyon1.fr)
et Hans‐Martin SPATH (Hans-Martin.Spath@adm.univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 24h CM | 6h TD
❝❞ Langue : Français
✎ Modalités d'évaluation : CM: écrit (66.67%) | TD: Oral (33.33%)
- Métastases, Migration et EMT- 3 ECTS
Acquisition des concepts les plus récents du processus de dissémination métastatique, connaissance des mécanismes de colonisation aux niveaux moléculaires et cellulaires, méthode de détection précoce, notion de niche et de dormance et thérapies ciblées
✉ Responsable de l'UE : Chantal Diaz (chantal.diaz@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 20h CM | 10h TD
❝❞ Langue : Français
✎ Modalités d'évaluation : Examen final
- MADP : Méthodes pour l'analyse de données protéomiques- 3 ECTS
Description
✉ Responsable de l'UE : Sophie AYCIRIEX (sophie.ayciriex@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 16h CM | 10h TD | 4h TP
❝❞ Langue :
✎ Modalités d'évaluation :
- Penser le cancer à la lumière du patient lui même- 3 ECTS
Faire entrer les sciences humaines et sociales au sein des formations scientifiques en tant que complément. Mettre en actes les orientations nationales de l'INCA. Contribuer à une mise en perspective de l'épistémologie de Descartes dont découle la science pour en comprendre les forces et les limites
✉ Responsable de l'UE : Romain PARENT (romain.parent@inserm.fr)
⊕ Répartition horaire : 25 h TD
❝❞ Langue : Français
✎ Modalités d'évaluation : Mémoire (10 pages) à rendre en juin
- Thérapies ciblées et petites molécules- 3 ECTS
L’UE a pour objectif d’acquérir des connaissances sur le versant « petites molécules » des inhibiteurs de kinases (ATP-compétitifs, modulateurs allostériques, inhibiteurs des interactions protéine-protéine).
Le programme d’enseignement est donc articulé autour de sept interventions :
- CM 1 Conférence dans le domaine des inhibiteurs de kinases (1 heure) « Targeting cancer with small molecule kinase inhibitors »
- CM 2 « Design and Kinase Inhibitor Chemistry » (3 heures)
- CM 3 Structure-Based Drug Design (2 heures)
- CM 4 Ligand-Based Drug Design (2 heures)
- CM 5 Propriétés physicochimiques et paramètres ADMET des inhibiteurs de kinases (2 heures)
- CM 6 Spécificités et mécanismes d’action des inhibiteurs de kinases (2 heures)
- CM 7 Vectorisation des inhibiteurs de kinases (2 heures)
Les cours sont complétés par deux séances de TD :
- TD 1 Etude de cas 1 (2 heures)
- TD 2 Etude de cas 2 (2 heures)
✉ Responsable de l'UE : Marc LE BORGNE (marc.le-borgne@univ-lyon1.fr)
⊕ Répartition horaire : 18h CM
❝❞ Langue : Non renseigné par le responsable
✎ Modalités d'évaluation : Non renseigné par le responsable